Abstract: Genome-wide association was undertaken with 561 tropical maize inbred lines from Embrapa and DTMA panels for root morphology and P acquisition traits under low- and high-P concentrations, using 353,540 SNP markers. P supply modified root morphology traits, biomass and P content in the global maize panel, but root length and root surface area changed differentially in Embrapa and DTMA panels. This suggests that different root plasticity mechanisms exist for maize adaptation to low-P conditions. A total of 87 SNPs were associated to phenotypic traits in both P conditions at −log10(p-value) ≥ 5, whereas only seven SNPs reached the Bonferroni significance. Among these SNPs, S9_137746077, which is located upstream of the gene GRMZM2G378852 that encodes a MAPKKK protein kinase, was significantly associated with total seedling dry weight, with the same allele increasing root length and root surface area under P deficiency. The C allele of S8_88600375, mapped within GRMZM2G044531 that encodes an AGC kinase, significantly enhanced root length under low P, positively affecting root surface area and seedling weight. The broad genetic diversity evaluated in this panel suggests that candidate genes and favorable alleles could be exploited to improve P efficiency in maize breeding programs of Africa and Latin America.Resumo: A associação genômica ampla foi realizada com 561 linhagens endogâmicas de milho tropical dos painéis da Embrapa e DTMA para morfologia radicular e características de aquisição de P sob baixa e alta concentrações de P, utilizando 353.540 marcadores SNPs. O fornecimento de P modificou características de morfologia radicular, biomassa e conteúdo de P no painel global de milho, mas o comprimento e a área de superfície radicular foram alterados diferencialmente entre os painéis Embrapa e DTMA. Isto sugere que existem diferentes mecanismos de plasticidade radicular para a adaptação do milho às condições de baixo P. Um total de 87 SNPs foram associados com as características fenotípicas em ambas as condições P considerando −log10 (valor de p) ≥ 5, enquanto apenas sete SNPs alcançaram o nível de significância de Bonferroni. Entre esses SNPs, o S9_137746077, localizado a montante do gene GRMZM2G378852 que codifica uma proteína quinase MAPKKK, foi significativamente associado ao peso seco total das plântulas, com o mesmo alelo aumentando o comprimento e a área de superfície radicular sob deficiência de P. O alelo C do SNP S8_88600375, mapeado dentro do gene predito GRMZM2G044531 que codifica uma AGC quinase, aumentou significativamente o comprimento da raiz sob baixo P, afetando positivamente a área de superfície da raiz e o peso das plântulas. A ampla diversidade genética avaliada neste painel sugere que genes candidatos e alelos favoráveis podem ser explorados para melhorar a eficiência do P em programas de melhoramento de milho na África e na América Latina.