Introdução: O HIV/Aids e tuberculose são doenças transmissíveis negligenciadas em todo mundo com ocorrência alarmante, inclusive em crianças, pois boa parte dessa população ainda é ignorada em relação a tratamentos, diagnósticos e notificações. Com isso, estão susceptíveis a desenvolverem as formas graves dessas infecções e a situação piorou depois da pandemia da COVID-19, por essa razão, a atenção a HIV/Aids e TB infantis se faz necessária. Objetivo: Avaliar de forma distinta a tendência temporal dos casos infantis de HIV/Aids e tuberculose no município de São Carlos/SP. Métodos: Trata-se de um estudo ecológico, de delineamentos de tendência temporal do tipo exploratório, a fim de comparar a taxa ao longo do tempo.  A população estudada será constituída pelo registro de casos infantis de HIV/Aids e tuberculose residentes em São Carlos, registrados no período de 2012 a 2021, na faixa etária de zero à 13 anos de idade, atendidos no Centro de Atendimento de Infecções Crônicas (CAIC) do município. Após a coleta de dados, será utilizado o método de autorregressão Prais-Winsten, através do software STATA, a fim de classificar a tendência em crescente, decrescente ou estacionária, calcular a porcentagem de variação mensal e representar graficamente a tendência temporal de ambas as doenças na população infantil.