O conjunto de dados refere-se às respostas de questionários aplicados a estudantes de graduação em Ciências Biológicas no contexto de uma intervenção didática voltada ao ensino de Paleontologia, com foco em conteúdos de Paleontologia Molecular. A pesquisa investigou as percepções discentes sobre experiências de aprendizagem em dois formatos de ensino: aula expositiva tradicional e sala de aula parcialmente invertida (SAPI), estruturada com o apoio de tecnologias digitais e estratégias ativas de ensino. O dataset é composto por cinco subconjuntos de dados, correspondentes a turmas de três instituições de ensino superior (IES), organizados de acordo com o formato de ensino adotado (aula expositiva e SAPI). Os subconjuntos incluem: (i) IES 1 – aula expositiva; (ii) IES 1 – SAPI; (iii) IES 2 – SAPI; (iv) IES 3 – aula expositiva; e (v) IES 3 – SAPI. Essa organização permite análises comparativas entre diferentes contextos institucionais e abordagens didáticas. O instrumento de coleta consistiu em questionários estruturados, organizados em dimensões analíticas relacionadas à experiência de aprendizagem, incluindo aspectos didáticos, percepção sobre o formato de ensino, compreensão do conteúdo e desempenho pessoal. O conjunto integra uma pesquisa de abordagem de métodos mistos, envolvendo dados quantitativos e qualitativos, e está vinculado à tese intitulada “Ensino de Paleontologia na Educação Superior: tendências e estratégias”. A coleta de dados foi aprovada pelo Comitê de Ética em Pesquisa da UNICAMP (CEP), sob o número CAAE 66973023.1.0000.8142.