O conjunto de dados refere-se às transcrições textuais de áudios gravados durante a implementação de uma intervenção didática baseada na sala de aula parcialmente invertida (SAPI), aplicada ao ensino de conteúdos introdutórios da Paleontologia Molecular em cursos de graduação em Ciências Biológicas. O objetivo da coleta foi registrar e analisar as interações discursivas, os processos de mediação pedagógica e as percepções discentes produzidas ao longo das atividades presenciais da sequência didática. O dataset é composto por quatro subconjuntos de dados, correspondentes a turmas de quatro instituições de ensino superior (IES) participantes da intervenção. Cada subconjunto contém transcrições organizadas em três momentos principais da sequência didática: (i) atividade de leitura e discussão de artigo científico; (ii) atividade do tipo Aquário de Discussão (Fishbowl); e (iii) etapa final denominada “Relato de experiência”, na qual os estudantes relataram suas percepções acerca da experiência de aprendizagem vivenciada ao longo da sequência didática invertida. As transcrições registram interações entre estudantes e docentes, incluindo discussões sobre conteúdos de Biomoléculas Fósseis, processos argumentativos, participação discente, construção coletiva do conhecimento, dificuldades e potencialidades percebidas e reflexões sobre o formato parcialmente invertido de ensino. O conjunto integra uma pesquisa de abordagem de métodos mistos, envolvendo dados quantitativos e qualitativos, vinculada à tese intitulada “Ensino de Paleontologia na Educação Superior: tendências e estratégias”. A coleta de dados foi aprovada pelo Comitê de Ética em Pesquisa da UNICAMP (CEP), sob o número CAAE 66973023.1.0000.8142.