Este conjunto de dados reúne sequências do gene 16S rRNA, genomas bacterianos montados e espectros de MALDI-TOF obtidos de actinobactérias com atividade antifúngica isoladas da biodiversidade brasileira. Os dados incluem: • sequências do gene 16S rRNA utilizadas para autenticação taxonômica das linhagens bacterianas; • genomas bacterianos montados obtidos por sequenciamento de nova geração; • arquivos de espectrometria de massas MALDI-TOF (formato mzXML) utilizados para autenticação taxonômica e avaliação de pureza dos isolados. Os genomas montados encontram-se também depositados no NCBI sob o BioProject PRJNA1418131. Os dados metabolômicos associados ao projeto foram processados e disponibilizados na plataforma GNPS (Global Natural Products Social Molecular Networking), utilizada para análises de molecular networking e comparação com bibliotecas espectrais públicas. Os respectivos links de acesso e identificadores das análises encontram-se descritos nas publicações científicas associadas ao projeto. Os arquivos estão organizados por categoria de dado e acompanhados de documentação descritiva (README e dicionário de dados). Os dados foram gerados durante o desenvolvimento da tese de doutorado da autora na Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), financiada pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP, processo 2022/16198-3).