Este conjunto de dados compreende dados de transcriptômica de célula única de células epiteliais colônicas de camundongos, dados de sequenciamento do gene 16S rRNA para caracterização da microbiota intestinal e quantificações histológicas de contagem celular. O propósito do dataset é investigar a regulação dependente da microbiota sobre a identidade, composição e respostas funcionais do epitélio intestinal em diferentes condições experimentais, incluindo camundongos tratados com antibióticos, specific pathogen free e germ-free. O conjunto inclui matrizes de contagem gene × célula processadas, tabelas de abundância taxonômica da microbiota, quantificações histológicas e metadados experimentais associados que sustentam as análises apresentadas na tese e na publicação correspondente. Os dados de sequenciamento gerados neste estudo encontram-se depositados no NCBI, BioProject PRJNA1136851 (16S amplicon sequencing) e BioProject PRJNA1136828 (single-cell gene expression profiling). Os dados suplementares associados estão disponíveis no DOI: https://doi.org/10.1080/19490976.2025.2573045