Este conjunto de dados compreende metadados clínicos e dados metabolômicos não direcionados de amostras de plasma de pacientes com Hiperplasia Prostática Benigna (HPB). O perfil metabólico foi realizado utilizando uma abordagem integrada multiplataforma, incluindo quatro métodos analíticos de LC-HRMS e análises complementares de GC-MS para maximizar a cobertura do metaboloma. A coleção inclui arquivos brutos de espectrometria de massa, tabelas de características processadas e matrizes prontas para análise, utilizadas em análises estatísticas multivariadas. O conjunto de dados oferece suporte à reprodutibilidade, reanálise de dados e futuras investigações sobre alterações metabólicas e descoberta de biomarcadores associados à HPB.