O córtex perirrinal (PER) é crucial na memória de reconhecimento de objetos e se divide em áreas 35 e 36, com diferentes citoarquiteturas e conexões. O córtex entorrinal lateral (LEC), subdividido em faixas dorsolateral (DLE) e ventral intermediária (VIE), processa informações visuais e espaciais, projetando-as ao hipocampo.No entanto, faltam estudos moleculares que analisem essas regiões e suas populações celulares de forma separada, o que dificulta a identificação de genes marcadores e a compreensão de seus perfis moleculares. Neste contexto, nosso estudo investigou o papel molecular das regiões supracitadas utilizando camundongos machos C57BL/6 (n=5) (CEMIB-UNICAMP) que tiveram suas amostras submetidas a microdissecção a laser (LCM). As áreas 35 e 36 do PER e sub-regiões DLE e VIE do LEC foram isoladas e submetidas a RNA-seq (plataforma Hiseq 4000). O alinhamento utilizou o pacote STAR e a análise estatística foi realizada pelo pacote DESeq2 para estimar a expressão gênica das regiões de interesse. Os resultados foram divididos em duas partes. Na primeira, as áreas 35 e 36 do PER foram analisadas separadamente, revelando 1 gene diferencialmente expresso entre A35 e A36, 167 entre A35 e DLE, 708 entre A36 e DLE, 693 entre VIE e DLE, 1154 entre A35 e VIE, e 1591 entre A36 e VIE. Na segunda parte, as áreas 35 e 36 foram consideradas como uma única região do PER, identificando 657 genes diferencialmente expressos entre PER e DLE, e 1878 entre PER e VIE. Foram encontradas maior segregação do perfil transcriptômico de regiões fisicamente distantes (áreas 35 e 36 vs VIE e da sub-regiões DLE vs VIE) em comparação a regiões fisicamente próximas (A35 vs A36; as áreas 35 e 36 vs DLE). Ademais, nossa análise de transcriptoma encontrou possíveis genes marcadores para o PER (6 genes mais expressos no PER em comparação às sub-regiões do LEC), DLE (4 genes mais expressos no DLE em comparação ao PER e VIE) e VIE (8 genes mais expressos no VIE em comparação ao PER). A análise in silico mostrou o enriquecimento compartilhado das vias de Interação com receptor neuroligante em todas as comparações considerando as áreas do PER como regiões isoladas e em conjunto. Na comparação das áreas 35 e 36 com LEC, observou-se a maior expressão de genes codificadores de receptores relacionados à melanocortina, leptina e glucagon, sugerindo que o PER, em comparação ao LEC, desempenharia um papel crucial na integração de informações gustativas, na avaliação nutritiva dos alimentos e na ativação da memória, orientando comportamentos alimentares adaptativos. Observou-se a maior expressão de genes associados à orientação axonal de neurônios glutamatérgicos em DLE comparado com VIE que poderia estar associado a maior predisposição a plasticidade sináptica neuronal na região dorsal do LEC. Ademais, corroborando com essa hipótese, observou-se a maior expressão dos genes BDNF, receptores α1 e α2 de GDFN, MET, e genes codificadores de proteínas relacionadas à mielinização (MBP e MAG) em DLE comparado a VIE. Desta forma, o nosso estudo é inédito na área, mostrando pela primeira vez as diferenças moleculares acerca das áreas 35 e 36 do PER, sub-regiões DLE e VIE do LEC que poderão contribuir para o conhecimento das regiões e identificação de marcadores moleculares específicos das populações celulares que possam inferir possíveis papéis funcionais destas populações a partir do perfil molecular identificado.