This dataset consists of data of bioelectrochemical reactions generating current in microbial fuel cell under different external resistance. So, in order to contribute to the elucidation of the characteristics of the process and further development of this technology, this dataset included the analysis of microbial fuel cells operated under external resistances of 13 Ω and 300 Ω. Data regarding the performance of each microbial fuel cell is presented based on monitoring of chemical species concentration during the operation and energy output in terms of voltage, internal resistance and power density obtained in polarization curves. In addition, data regarding the internal resistance characterization over time is presented based on the Electrochemical Impedance Spectroscopy analysis (EIS). Consiste em um conjunto de dados de reações bioeletroquímicas que geram corrente em células a combustível microbianas sob diferentes resistências externas. Com o intuito de contribuir para a elucidação das características do processo e posterior desenvolvimento desta tecnologia, este conjunto de dados inclui a análise de células a combustível microbianas operadas sob resistências externas de 13 Ω e 300 Ω. Dados relativos ao desempenho de cada célula a combustível microbiana são apresentados com base no monitoramento da concentração de espécies químicas durante a operação dos reatores e na produção de energia em termos de tensão, resistência interna e densidade de potência obtidas em curvas de polarização. Além disso, são apresentados dados referentes à caracterização da resistência interna ao longo do tempo com base na análise de Espectroscopia de Impedância Eletroquímica (EIS).