São conhecidas mais de 150.000 espécies de Diptera (Insecta), que são potenciais portadores de aproximadamente 200 espécies de vírus, bactérias, fungos, protozoários e helmintos a humanos e animais. Essa natureza de transmissão vetorial provavelmente está relacionada à alta capacidade prolificidade de mosca, hábitos alimentares, adaptação a diferentes biomas e acesso de Diptera a uma ampla variedade de ambientes contaminados. O coronavírus e o rotavírus são patógenos bem conhecidos relacionados a distúrbios entéricos e respiratórios em animais e humanos. Apesar do potencial dos dípteros como vetores de um conjunto de diferentes patógenos, poucos estudos têm investigado a presença de vírus relacionados a doenças animais e humanas veiculadas por esses insetos, capturados no ambiente de ordenha de bovinos. Neste cenário, foram capturados 217 espécimes de dípteros (24 espécimes em nove fazendas leiteiras distintas), submetidos a classificação entomológica, RT-PCRs hemi-nested para identificação de Rotavírus A-RVA (gene VP1) e coronavírus bovino-BCoV (gene N) e confirmação de espécies de vírus com base em sequenciamento. Onze famílias de Diptera foram identificadas entomológicamente, com predominância de Muscidae (152/217=70%). Entre 14,7% (32/217) e 4,6% (10/217) dos dípteros, RVA e BCoV foram detectados por hemi-nested RT-PCRs, respectivamente; enquanto 11,5% (25/2017) e 0,5% (1/217) tiveram confirmação de rotavírus A e BCoV por sequenciamento, respectivamente. Nossos achados destacam o papel dos dípteros como portadores de RVA e BCoV em insetos que habitam o ambiente da pecuária leiteira, devido à relevância animal e humana desses patógenos